Бөек Ватан сугышы башлану белән, ул үзен фронтка җибәрүләрен сорый. Аның үтенече канәгатьләндерелә. 1941 елныңноябрь-декабрь айларында Минзәләдә хәрби-сәяси җитәкчеләр (политруклар) әзерләүче кыска сроклы курсларнытәмамлап, «өлкән политрук» дәрәҗәсе ала. Ленинград фронтында фронт газетасында эшли башлый. 1942 нче елныңҗәендә Волхов фронтында, дошман чолганышында калып, авыр яраланган хәлдә, фашистлар кулына әсирлеккә эләгә. Әнә шулай аның лагерь тормышы башлана. Шагыйрь әсирлектә дә көрәшне туктатмый. Яшерен оешмага керә, аның җитәкчеләреннән берсе була, бик күп әсирләр белән лагерьдан качу һәм партизаннарга барып кушылу ниятен тормышка ашырырга уйлый. Бер хыянәтче аларның серләрен фашистларга хәбәр итә. Шуннан соң Җәлилне һәм аның иптәшләренБерлиндагы Моабит төрмәсенә ябалар. Шагыйрь анда да туган иленә тугрылыклы булып кала. Искиткеч рухи ныклык күрсәтә. Үлем җәзасы көтеп торганда да, туган илгә, халыкка тирән мәхәббәт белән сугарылган, фашистларга көчле нәфрәтен белдергән шигырьләр язып, аларны үзе ясаган кечкенә дәфтәрләргә теркәп бара.

Җәлилнең әсирлектә язган шигырьләре бөтен дөньяга билгеле. Татарстанга аның ике дәфтәре кайтты. Аларны бөтен дөньяда«Моабит дәфтәрләре» дигән исем белән беләләр. Дәфтәрләр татар гарәп имләсендә һәм "Яңалиф" татар латин әлифбасында язылган. Беренче дәфтәренә Муса Җәлилнең алтмыш шигыре теркәлгән һәм дәфтәрнең соңгы битенә васыять язылган: «Моны язды татарның билгеле шагыйре М. Җәлил. 1942 елны сугышка килде һәм әсир төште. Әсирлектә күп газаплар чигеп, сәяси яшерен оешмага катнашуда гаепләнеп кулга алынды, төрмәгә ябылды. Бәлкем, аны үлем җәзасына хөкем итәрләр».

Сугыштан соң совет шагыйре һәм язучысы Константин Симонов ярдәмендә Муса Җәлилнең шигырьләре бастырыла башлый, тәрҗемә ителә, шагыйрьнең батырлыгы бөтен дәүләткә билгеле була.